Pada tahun 2000, bersamaan dengan maraknya program JPS, maka YAPERINDO yang tergabung dengan beberapa LSM Lokal di Kabupaten Kulon Progo bekerjasama dengan Pemerintah Daerah (PEMDA) untuk mengawal program JPS. YAPERINDO diberikan amanat untuk mengawal beberapa program pemberdayaan dan yang utama ada 3 yaitu RRMC (ayam buras), Program Pengembangan Kecamatan (PPK), dan Program Pengentasan Kemiskinan Perkotaan (P2KP). Dana yang disediakan sebesar Rp 57.500.000,- dalam waktu efektif 9 bulan (April – Desember 2000). Pekerjaan ini lebih dekat kepada fungsi watching and controlling.